R语言的meta分析——傻瓜式操作
R语言之前看数据分析的时候想学来着,但是没有操作,最后选择了python。近日帮同学弄一个meta分析。
其实本质上就是利用meta库,求解
(1)加载meta库,镜像源选择“中国上海”
(2)看一下成功了没
(3)数据加载到rate变量
(4)看一下rate成功没
(5)进行换
(6)写入几个变换到csv文件里
(7)进行测试
(8)利用metaprop函数进行求解得到meterate
(9)后处理得到森林图,“Egger’s”图,和Gallbraith图
代码如下:
install.packages(“meta”)
library(meta)
rate<-read.csv(‘rate.csv’,sep=’,’,header=TRUE)
rate
transform(rate,p=event/n,log=log(event/n),logit=log((event/n)/(1-event/n)),arcsin=asin(sqrt(event/(n+1))),darcsin=0.5*(asin(sqrt(event/(n+1)))+asin(sqrt((event+1)/(n+1)))))->rate
write.csv(rate,file=’rate.csv’)
rate
shapiro.test (rate$p)
metarate<-metaprop(event,n,study,data=rate,sm=’PLOGIT’,incr=0.5,allincr=TRUE,addincr=FALSE,tile=”lanjie”)
funnel(metarate)
forest(metarate,digits=2)
metabias(metarate,method=”linreg”,plotit=TRUE,k.min=10)
metainf(metarate)|
表格的整理格式如下
table1
Study | Event | Num |
---|---|---|
M. Muzza et al 2014 | 13 | 30 |
F. Wang et al 2013 | 10 | 67 |
HyeYoung Jin et al 2014 | 20 | 43 |
Feng Sun et al 2018 | 66 | 110 |
C. Fu et al 2015 | 13 | 45 |
Kyoung-Jin Park 2015 | 19 | 112 |
Chunyun Fu 2016 | 13 | 45 |
Matsuo et al 2016 | 11 | 48 |
Hong Jiang 2016 | 10 | 12 |
M. Tan et al 2016 | 60 | 96 |
Long et al 2018 | 49 | 106 |
X. Fan et al 2017 | 21 | 66 |
tabel2
表头 | 表头 | 表头 |
---|---|---|
内容 | 内容 内容 |
内容 |
内容 | 内容 | 内容 |